目的 掌握盐城市肠道病毒CVA6型基因进化特征。方法 对盐城市鉴定为CVA6型的肠道病毒，通过反转录聚合酶链式反应的方法扩增全基因组序列，扩增产物经纯化测序，采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对、分子进化树构建以及重组分析。结果 盐城市2018年共检测疑似疱疹性咽峡炎Low grade prostate biopsy病例107例，肠道病毒核酸阳性率73.83%,其中CVA6、CVA16、其他肠道病毒分别占50.63%、5.06%、44.30%,未检出EV71。选取3株2018年疱疹性咽峡炎、3株2018年手足口病(流行月峰前、峰中、峰后)、1株2017年手足口病CVA6型代表株进行全基因组KPT-330试剂测序，遗传进化树显示：7株盐城株位于B进化分支BelnacasanB2基因亚群分支，3株疱疹性咽峡炎CVA6型代表株与2株2018年手足口病CVA6型毒株聚集成簇构成一进化小分支，2株手足口病毒株(2017年、2018年各1株)形成独立的进化小分支，形成2条传播链。选取2个进化小分支中疱疹性咽峡炎、手足口病CVA6型各1株，进行分子进化重组分析，均未发现明显的重组来源。结论 2018年盐城市疱疹性咽峡炎的病原谱呈现遗传多样性，CVA6型肠道病毒为优势流行株，与手足口病的CVA6型肠道病毒可能有着共同的来源，盐城株未发现基因重组。