为了从全基因组表达角度了解短N导入片段降低烤烟抗性连锁累赘的效果，对近等基因系打顶后35 d上部第3片叶进行了转录组测序及Biomass fuel生物信息学分析。结果表明：与对照‘云烟87’(‘Y87’)相比，长N导入片段近等基因系(‘Y87NL’)的上调表达、下调表达基因数量最多，分别为3 183和2 925个。短N导入片段近等基因系(‘Y87NS2’， ‘Y87NS5’)的差异表达基因数量比‘Y87NL’减少33.0%～56Docetaxel.8%。‘Y87NL’的上调表达、下调表达lncRNA数量最多，分别为1 406和1 7Nirmatrelvir试剂85个。短N导入片段近等基因系的差异表达lncRNA数量比‘Y87NL’减少26.6%～46.3%。差异表达基因类型与数量、代谢通路富集分析表明：短N导入片段近等基因系在取样时间点的全基因组表达情况比‘Y87NL’更加类似‘云烟87’，短N导入片段降低了长N导入片段对‘云烟87’基因表达的扰动。综合成熟期上部叶转录组测序分析结果，短N导入片段近等基因系降低了连锁累赘。本研究结果可为短N导入片段近等基因系的育种利用提供参考依据。