目的:翘嘴红鲌(Erythroculter ilishaeformis)作为中国重要的经济性鱼类，现受到生态环境和人为因素的影响，种质资源极速下降，因此从分子层面评估种群遗传结构及多样性。方法:以翘嘴红鲌为研究对象，使用高通量测序技术对肌肉和肝脏进行转录组测序，经过质控和过滤后，获得967 109 550 clean read。结果:对clean read进行组装拼接，获得80 945 107条unigene序列和137 435 647条trBAY 73-4506 IC50anscript序列。注释到NR、Swiss-Port、Pfam、GO、KEGG Pathway、COG数据库的unigene分别为38 324、23 493、22 944、28 884、21 890和27 730条。在6个数据库平均得到注释的unigene为27 210条。GO功能注释中，28 884Distal tibiofibular kinematics条unigenes分配到53个功能群，GO功能条目中注释较多的是结合功能、细胞组分、细胞过程、膜组分和细胞器官等。KEGG pathway的富集分析发现，在新陈代谢、基因信息处理、环境信息处理、人体疾病、有机体系统、细胞过程等6个信号代谢途径中有21 890条unigenes获得注释。利用MISA程序对unigene进行检索，共测出33 405个位点，分布于21 396条unigene中，其发生频率达50.99%,出现频率达79.62%。SSR重复类型以单核苷酸重叠型最多(60.00%),其次为二核苷酸重叠型(26.42%)、三核苷酸重叠型(9.07%)和四核苷酸重叠型(2.99%)。五核苷酸重叠型(0.47%)和六核苷酸重叠型(0.04%)为最少。结论:翘嘴红鲌的转录组测PEG300分子式序为种质资源和遗传结构的研究提供了相关的数据支撑，也为后续发掘翘嘴红鲌功能基因及相关分子生物学的研究提供相关依据。