基于处方挖掘与分子动力学模拟筛选SARS-CoV-2潜在抑制剂分子的研究

目的 从中药中筛选具有潜在新冠病毒抑制活性的成分,进一步从原子水平揭示其抑制SARS-CoV-2S蛋白RBD与ACE2结合的内在机制。方法 检索新冠肺炎治疗中药处方,构建“新冠中药候选活性成分数据库”。用具有ACE2抑制活性的小分子化合物构建HipHop药效团模型,并对“新冠中药候选活性成分数据库”中活性成分筛选。采用Gefitinib-based PROTAC 3说明书分子对接和分子动力学模拟方法研究候选活性成分Compound C浓度与ACE2的结合方式及其对新冠病毒S蛋白与ACE2识别的影响。结果 本文通过中药处方挖掘和分子动力学模拟,从143个新冠治疗中药处方中筛选出10种可与新冠病毒S蛋白/人源ACE2识别位点结合的中药成分。其中,枇杷叶主要活性成分23-trans-p-coumaryhormenticacid与ACE2具有最高的亲和力,且23-trans-p-coumaryhormenticacid的结合可有效阻断新型冠状病毒S蛋白与宿主细胞ACE2的结合。结论 本文通过虚拟筛选发现了新冠病毒潜在抑制剂分子23-trans-p-coumaryhormentic acid,同时从原子水平预测了其抑制新型冠状病毒S蛋白fetal genetic program与ACE2结合的内在机制,这将为新冠病毒特异性抗病毒药物的研发提供理论依据。