哮喘中miRNA、lncRNA、circRNA、转录因子和靶基因的调控网络

目的:筛选支气管哮喘的差异表达基因(DEGs)并构建相应的ceRNA调控网络。方法:从GEO数据库中筛选出两个数据集:GSE43696和GSE64913。用R软件的Limma包筛选DEGs并用Cluselleckchem JNJ-42756493sterProfiler包完成富集分析。利用CytoscBMS-907351ape、Tarbase、ENCORI、LncBase、Circad、AnimalTFDB、DGIdb等数据库构建miRNA、lncRNA、circRNA、转录因子和靶向药物与靶基因的调控网络。结果:共得到76个DEGs,其中44个基因上调,32个基因下调。富集分析显示,DEGs的功能和通路主要富集在宿主免疫系统和炎症方面,如组织特异性免疫反应、细胞杀伤、白细胞介素(IL)-17信号通路、抑制一氧化氮产生等。最后,预测并筛选出了2个miRNA、7个lncRNA、1个circRNA、8个转录因子和91种靶向药物,并构建了相应的system immunology调控网络。结论:在哮喘中,SNX13和7个lncRNA通过hsa-miR-19b-3p和hsa-miR-218-5p参与CLCA1等基因的表达调控。此外,SPI1等转录因子和他尼氟酯等药物也可能干预哮喘相关基因的表达和调控。